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JonDoFox es multiplataforma, libre y gratuito.

Descarga

Además, incluyo un script de instalación, para que únicamente tengas que escribir “ess” como root o desde sudo o gksu para utilizarlo, así es más fácil incluírlo en un lanzador, por ejemplo. Por el asunto del lanzador, he incluído también un icono hecho por mí, para que lo ponga a quien le guste.

Aquí os dejo el paquete, que incluye el script, el instalador y las instrucciones de instalación dentro del archivo de texto “Instalación” (al descomprimirlo). Si encontráis algún problema, ahí tenéis el cajón de comentarios

EasyShutdownScript v1.0 – Descarga

Capturas:

Nota: El script está bajo una licencia Creative Commons BY-NC-SA, así que, si os gusta, lo podéis redistribuír a placer

Entrada original en Terres3

Web del proyecto

]]> http://www.pillateunlinux.com/openvsp/feed/ 0 http://www.pillateunlinux.com/pul-recomienda-tde/ http://www.pillateunlinux.com/pul-recomienda-tde/#comments Mon, 09 Jan 2012 07:51:02 +0000 pragmart http://www.pillateunlinux.com/?p=12920

Web TDE

Se llama Citrus, luce así:

+ info aquí

web Fisicalab

Eso sí, ¡ojo!:

LAS PREDICCIONES DE ESTE PROGRAMA EN NINGÚN CASO PUEDEN SER TOMADAS COMO ALGO DEFINITIVO. LOS MÉTODOS USADOS NO SON 100% EFECTIVOS PARA TODAS LAS MUJERES.

Lux Render es software libre, y funciona con Blender.

Acabo de probar su versión 14.0.850.0, desde la que escribo esto, y aún estoy recuperándome del susto.

Se trata de SRWare Iron, la versión de Cromium (la versión de código abierto de Chrome) diseñada para evitar rastreos y proteger mi privacidad.

Versiones para GNU/Linux, binarios ejecutables desde un archivo desde la carpeta una vez descomprimida e instaladores .deb para Debian y derivados en sabores 32 y 64 bits, sírvase ud. a discreción aquí mismo.

Firefox, ¡ponte las pilas!

Llega una nueva edición de esta fantástica iniciativa que es el humble bundle. En esta ocasión nos ofrecen, al precio que queramos, únicamente “Frozen Synapse”, un juego de estrategia por turnos, y de bonus “Trauma”.

¿Sólo un juego? Bueno, a ver, tiene truco, porque si pagas más que la media (actualmente 4,64 dólares) entra en el paquete “The Humble Frozenbite Bundle”, con “Trine”, “Shadowgrounds”, “Shadowgrounds: Survivor”, “Splot” y “Jack Claw”, algunos de ellos con banda sonora incluída para descarga.

Como es costumbre, puedes donar el dinero como quieras, a los desarrolladores, a las ONG o a ambos. Y, también como es costumbre (y con ánimo de fardar xD), somos los linuxeros quienes más generosos estamos, a pesar de la crisis.

Aquí tenéis el enlace. ¡Venga, que sólo quedan 8 días!

Hace muy poquitos días la FSF ha renovado su lista de aplicaciones libérrimas. Unas 6500. Gracias.

Estoy hablando de gnome-fitness, básicamente una calculadora gráfica programada en Python que, en base a un pequeño conjunto de datos que nos va pidiendo y vamos introduciendo con diligencia y sinceridad, cada uno la que sea capaz, elabora un perfil, saludable o no según convenga, de nuestra persona físca y mortal de necesidad. Ejem.

Libre, gratis e incluso multiplataforma.

Para muestra una captura.

Para descargarla se puede clicar aquí para bajarse el paquete binario del instalador .deb ejecutable en distribuciones tipo Debian, aquí para descargar el paquete .tar.gz del código fuente que habría que compilar, y aquí el archivo del instalador .exe para Windows, con todos mis respetos.

Ya digo que lleva bastante tiempo sin desarrollarse, una pena penita pena, pues estaría bien que guardase los registros para poder comparar, aunque siempre nos quedará la opción de la captura de pantalla, por decir algo.

Si esta entradilla sirve para algo además de animar mínimamente el cotarro en este moribundo blog o alarmar a alguno con su sobrepeso, me gustaría que fuese para que se retomase su desarrollo, se donase algo de pasta al autor, no sé, algo así. Ahora parece que todas estas miniaplicaciones curiosas están desarrollándose para otros ecosistemas de dispositivos móviles táctiles como Android.

Está claro que soy el tío de los casos perdidos. Menos mal que no dirigí mi proa hacia la abogacía ni la medicina. Cárceles y cementerios estarían desbordados.

Un postrer saludo, me temo.

Visto aquí

Bueno, pues aquí estamos, presentando la segunda entrega de esta sección especialmente dedicada a la ciencia. Como ya se adelantó, seguiremos hablando de BLAST. En un principio tenía pensado meterme de lleno en explicar en profundidad como funciona el algoritmo que lo sustenta etapa por etapa, pero teniendo en cuenta que la anterior entrada no suscitó un gran interés (lo cual es lógico, por otra parte, al tratarse de una herramienta muy específica) creo que no merece la pena invertir tiempo y esfuerzo en ello. Además, es un tema relativamente complejo que requeriría constantes ejemplos visuales e introducción de conceptos abstractos y que nos llevaría inevitablemente a incluir temas como el soft-masking o las estadísticas de alineamiento local que no harían sino alargar las explicaciones hasta un punto al que quizá no nos interese llegar. Así que por ahora, dejo esa parte de lado, a quien le pueda interesar tiene bibliografía de sobra para aprenderlo por su cuenta.

Y hecha la aclaración, al lío: ¿cómo se utiliza BLAST?

Herramienta on-line (NCBI-BLAST)

Tiene una pinta más o menos como ésta:

Hasta aquí el uso es bastante intuitivo, hay un cuadro de búsqueda en el que introduces la secuencia a analizar (en texto plano sólo la secuencia, en formato FASTA o bien utilizando el accession number otorgado a la secuencia en cuestión en la correspondiente base de datos) que también permite que subas un archivo que contenga la secuencia (texto plano/ FASTA) y que otorgues un título al trabajo.

La casilla “align two or more sequences” se marca en el caso de que quieras realizar el alineamiento con más de una secuencia de partida.

La segunda parte muestra el Search Set a utilizar. Aquí se indica la base de datos que quieres utilizar, en principio te da tres accesos directos: genómico humano + transcriptoma, genómico de ratón + transcriptoma y otras, lo cual simplemente hace que el menu desplegable se coloque en una de ellas o de paso a un submenú con varias (si eliges otras). Haciendo click directamente en el menú desplegable puedes elegir la base de datos que más te convenga.

La parte exclude permite excluir la comparación con modelos (son Xenopus -ranas- si mal no recuerdo) y la comparación con secuencias obtenidas de análisis metagenómicos.

La opción entrez query, por su parte, permite acotar la búsqueda introduciendo parámetros limitantes.

La tercera parte de la interfaz es la denominada Program selection y permite optimizar la búsqueda según si vas a analizar secuencias muy similares, muy diferentes o más o menos similares. Esto básciamente lo que hace es indicar al programa que realice un alineamiento local (para secuencias divergentes) o global (para aquellas muy similares), según la opción marcada.

Y por último el botón BLAST que lanza el programa generando una salida BLAST de cuyo análisis nos ocuparemos en la tercera y última entrega acerca de BLAST.

Esta es la parte generalista del programa, pero si ingresáis a la web, veréis que ligeramente por debajo del botón de ejecución aparece una pestaña que dice Algorithm parameters. Ahí es donde de verdad reside la potencia de BLAST, pero para entenderlo más o menos en profundidad es necesario comprender el funcionamiento del algoritmo, lo cual es más indicado para usuarios avanzados, que imagino seréis muy pocos entre los lectores del blog. Así que de momento, no explicaré esa parte, pero os dejo enlace a la ayuda de BLAST y a la guía de BLAST donde lo cuentan bastante clarito y con imágenes (en inglés, claro).

Herramienta local: blastall

Antes de hablar de la herramienta en sí, os daré unos pequeños consejos aplicables también al uso de la herramienta on-line:

1.- No pretendáis utilizar BLAST como si fuera el buscador Google.

2.- BLAST es muy sensible a los parámetros; los valores por defecto no siempre son válidos para tu búsqueda y de serlo lo serán con conocimiento de causa y no por azar.

3.- Una búsqueda en BLAST se debería plantear como un experimento más, y por tanto requiere un diseño elaborado y una interpretación adecuada, de lo contrario los resultados pueden carecer de validez.

4.- Como todo experimento, el uso de BLAST supone el uso de controles (bootstrap por ejemplo)

Dicho esto, os dejo unos ejemplos de uso del programa por línea de comandos. Podría explicar el uso de cada parámetro, pero nuevamente es necesario comprender el funcionamiento del algoritmo para ser capaz de definir dichos parámetros de forma apropiada, así que quien quiera saber más que eche un ojo a la página del manual de BLAST (previa instalación del paquete blast2, obviamente).

blastn

Mapear oligos sobre un genoma

blastall –p blastn –d <genome> -i <oligo> -G 2 –E 1 –F F

megablast –d <genome> -i <oligo> -W 11 –F F –D 2

Mapear un cDNA/EST sobre un genoma

blastall –p blastn –d <genome> -i <dna> -G 1 –E 3 –W 15 –F “m D” –U –e 1e-20

megablast –d <genome> -i <dna> -F “m D” –U –D 2

Análisis comparativo de secuencias entre especies

blastall -p blastn -d <genome> -i <dna> -r 1 -q -1 -G 1 -E 2 -W 9 -F “m D” -U

blastp

Búsqueda rápida y poco sensible
Para secuencias con al menos un 50% de identidad:

blastall -p blastp -d <db> -i <query> -F “m S” -f 999 -M BLOSUM80 -G 9 -E 2 -e 1e-5

Búsqueda lenta de alta sensibilidad

blastall -p blastp -d <db> -i <query> -f 9 -F “m S” -M BLOSUM45 -e 100 -b 10000 –v 10000

blastx

Búsqueda de genes en ADN genómico

blastall -p blastx -d <db> -i <genomic> -F “m S” -U -f 14 -b 10000 -v 10000 -e 100

Superfast blastx

Mapeo rápido entre una secuencia genómica y sus posibles proteínas codificadas :

blastall -p blastx -d <db> -i <dna> -f 999 -A 4 -G 32767 -E 32767

Y eso es todo por hoy, ¡hasta próximas entregas!

Ciencia en GNU/linux (I): BLAST (1/3)

Ciencia en GNU/linux (II): BLAST (3/3)

Muchos nos hemos tenido que resignar, a veces, a recurrir al SO de PequeSoft porque nuestra operadora no daba soporte a Linux y no había dios que consiguiera configurar la red de nuestro operador y el dichoso aparatito USB.

Pues acabose el llorar, queridos amigos, porque gracias a un tipo llamado Sakis Dimopoulos tenemos un script licenciado bajo la GNU GPL v2 capaz de realizar el trabajo sucio por nosotros a la hora de configurar el módem 3G. Viendo el código, me parece que depende del paquete usb-modeswitch, por lo que recomendaría instalarlo.

Soporta un montón de modelos y conexiones en hasta 44 países. Lo bajamos de aquí, lo descomprimimos, le damos permisos de ejecución y lo ejecutamos con un

./sakis3g –interactive (son dos guiones, ¿ok?)

y a gozar de internet móvil!

¡Un abrazo!